第１話 「少女が見た流星」
アフターコロニー１９５年。
コロニーは地球への反抗の意志として５体のガンダム、ウイング、デスサイズ、ヘビーアームズ、サンドロック、シェンロンを地球へと送り込んだ。
その目的は地球圏でその勢力を強めようとしている組織ＯＺ壊滅であった。
リリーナ・ドーリアンはその中で大気圏へと突入していく一つの流星を目撃する。
ヒイロ・ユイの乗るウイング・ガンダムである。しかしヒイロはＯＺのゼクス・マーキスに発見され、交戦状態にはいる。
エアリーズ２機を撃破したものゼクスによって撃墜されてしまう。
一方、他のガンダム４機は難なく任務を遂行し早々と姿を消していくのであった。
リリーナは誕生日を間近に控えるのだが、父親にもかまってもらえず、ふてくされていたところに浜辺に漂流したヒイロを発見する。
ヒイロを助けようと救急隊を呼ぶリリーナだったが、秘密を知られてしまうことからヒイロは駆けつけた救急隊を襲い車を奪い逃走する。そんな彼を黙って見守る（？）リリーナは、「私はリリーナ・ドーリアン。あなたは・・・」と彼が去っていく方へ手をさしのべる。
次の日学園に久々に戻ったリリーナを待ちかまえていた事件はヒイロの学園への転入。
彼に興味を持ったリリーナは早速彼を自分の誕生パーティーに誘うべく招待状を渡すものの見事に目の前で破かれ、
ヒイロは「おまえを殺す。」と一言。
第２話 「死神と呼ばれるＧ」
海中に沈んだヒイロのウイング・ガンダム。
その機体を調査回収するために、ＯＺと統一連合軍のマリーナが協定して探索に乗り出す。しかし、そこに一つの黒い死神が現れる。
デュオのガンダム・デスサイズである。ＯＺと連合軍のモビルスーツを破壊した、デュオ・マックスウェルはウイング・ガンダムが自分のガンダムに酷似していることに驚きながらも、回収することになる。
しかし、秘密保持のためにヒイロは自分のガンダムを破壊する計画を立て実行に移していた。
一方リリーナはヒイロのことが頭から離れず、大気圏で見た流星にヒイロが乗っていたことに感づくと「だとしたら・・・彼は星の王子様。」などと考えながらもヒイロが連合の港基地に向かっていたことをクラスメートから聴かされ、自分のパーティを放置し、ヒイロのところへと向かうのであった。
ヒイロは難なく連合の港基地を占拠しガンダム破壊へと淡々と事を進めていた。が、しかし、そこに現れたリリーナ。ヒイロを止めようとするが、
ヒイロは「さよなら、リリーナ。」と彼女に銃口を向けたそのとき何者かに撃たれるヒイロ。
「この場合、どう見てもおまえが悪者だよな。」とキザに現れるデュオ。
しかしそれでもリリーナはヒイロの味方。調子の狂うデュオ。しかしその隙についにミサイルを発射してしまうヒイロ。爆発と共に海中へ沈んでいくウイングとデスサイズ。
第３話 「ガンダム５機確認 」
連合軍軍医サリィ・ポオにとらえられたヒイロ。彼の１５歳の少年とは思えないからだつきに興味を持ったサリィはリリーナからヒイロのことについて聞きだそうとする。張五飛は我が道を行く単独行動でＯＺ壊滅に作戦を着々と進める。あまりもの手応えのなさに「このナタク、甘くみられたものだ。」と愚痴る。
ヒイロに興味を持ったデュオはガンダム二機の回収をハワードに頼みヒイロの脱出計画を企て連合に潜入。
無事ヒイロをつれて脱出に成功。
一方地中海の連合コルシカ基地にガンダムが来ると予測したゼクスはそこであるモビルスーツが眠っていることを知らされる。トールギスである。
ゼクスの「バカは来る！」の予想どうり現れたトロワ・バートンのヘビーアームズ。連合とＯＺのモビルスーツを次から次へと破壊していくが遂に弾切れ。
「早かったな、俺の死も。」と，死を覚悟したそのとき、４０機のマグアナック隊を率いて現れたカトル・ラバーバ・ウイナーのサンドロック。
連合とＯＺを全滅させたカトル達は遂にトロワとの一騎打ちになるがカトルはトロワが敵ではないことを察知する。
「戦ってはいけないんだ！僕たちは！」とお互いに和解。ワーカーを犠牲にしながらもトールギスを運び出すゼクス。脱出の際に足を骨折するヒイロだったが自力で体を治してしまう。それを見て気持ち悪がるデュオ。そして、デスサイズとウイングは引き上げられた。
第４話 「悪夢のビクトリア」
コルシカ基地から運び出したトールギス整備するためをビクトリア基地へと向かうゼクス。
そこにはかつてのビクトリア養成所の同期生ルクレツィア・ノインが待っていた。
1年と22日ぶりの再会に話に花を咲かせる二人。しかし、そこへ襲撃をかける五飛。
それを迎え撃つノイン。バイクで逃げる五飛をとらえるが「女か、だから甘い。」と、逃げられる。五飛のシェンロン・ガンダムにかなうはずもなくせっかくのトーラスも撃墜される。「女ぁ！きこえているのか。女ぁ！」
ノイン落ち込む。一方、コロニーに地球攻撃の意志など無いと訴えるドーリアン外務官を邪魔に思うトレーズ・クシュリナーダは部下のレディ・アンにドーリアンの暗殺を命じる。
デュオはヒイロにウイングの修理を手伝うことを申し出るが断られる。でもヒイロはなんと、デスサイズのパーツを盗んでウイングを修理。
そしてまた任務遂行の旅へと飛び立つのであった。そして１人夕日を見つめるリリーナは「ヒィイロォー。早く私を殺しにいらっしゃーい。」
と相変わらずである。五飛は一人、敵の弱さにむなしさを感じる。「敵が弱いと戦った後むなしくなるんだ。くそぉー!」
第５話 「リリーナの秘密」 レディ・アンと共に宇宙へと戻るリリーナ親子。
レディ・アンはドーリアンを暗殺しようとするが、偶然にもリリーナに阻止されそうになる。しかしレディ・アンは強引にもドーリアン殺そうとする。
父を助けようとしたリリーナだったが何者かに父親共々さらわれてしまう。その中で死を覚悟したドーリアンはリリーナの出生の秘密を彼女に明かす。
「あなたの本当の名はリリーナ・ピースクラフト。かつて完全平和主義を唱えたピースクラフト王の御令嬢です。」と言い残し死亡。
しかし、動揺しているせいか納得のいかないリリーナ。父親の敵討ちをしようとするが、思わず「ヒイロに会いたい。」と弱音をポロリ。それを聞いていたDr.J・・・
リリーナはDr.Jからヒイロのことや彼にＯＺを攻撃させる理由を聞く。。一方、地球ではＯＺの北太平洋補給基地を襲撃するヒイロの姿があった。そしてそこに現れたデュオ。デスサイズにバスターライフルを向けるヒイロ。それに対してデュオもバスターシールドを構えるが、ヒイロはデスサイズの背後にいたリーオーを狙い撃つ。「借りは返したぞ。」と、ヒイロにすこし騙されてしまった（？）デュオ。そして、再び地球へと帰るリリーナ。
第６話 「パーティー・ナイト」
地球へと戻ってきたリリーナを暗殺する計画を企てるトレーズとレディ・アン。
リリーナの学園ではパーティーが催されているがそれを横目で眺めるヒイロは一言、「俺には関係ない。」。
学友に慰められながらも学園に戻ってきたリリーナはヒイロの所へと向かいコロニーでDr.Jと出会ったことを話し、ヒイロをパーティーに誘う。
ＯＺの基地を襲撃する五飛。サーカスで働くトロワ。学園のパーティーでリリーナとダンスを踊るヒイロはなかなかいい雰囲気になったてきと思いきや、
そこへ襲撃をかけるレディ・アン指揮するＯＺ軍。
そしてヒイロはリリーナとのダンスを放棄し、ウイング・ガンダムで迎え出る。その中で戦闘に巻き込まれてしまったリリーナをヒイロは助けてしまう。
「なにをしているんだ俺は。」と自分の行動に困惑しながらもＯＺのモビルスーツを撃破。
レディ・アンはトレーズの命令で撤退を余儀なくされる。トレーズはリリーナがゼクスの肉親であることをノインから聞かされたのであった。そしてヒイロは再びリリーナの前から姿を消す。
第７話 「流血へのシナリオ」
ニューエドワーズ基地へＯＺの上層部が集まるという偽の情報を流すトレーズ。
しかし実際は平和論者のノベンタ元帥をはじめとする連合軍首脳会議であった。
トレーズはこれにより連合を排除し、いよいよＯＺによる地球圏の支配体制をつくろうとする計画であった。
偽の情報をつかまされたガンダム・パイロットたちはそれぞれ行動に移す。基地に襲撃を欠けるヒイロとデュオ。
これに乗じてトレーズは「役者はそろった。我々も幕を上げるとしよう。」と、オペレーション・デイブレイクを決行する。
一方、各連合基地ではＯＺによる侵略が開始されていた。ニューエドワーズでは戦闘を続けるヒイロ、デュオに加えてトロワがミサイルをぶっ放してカトルと共に登場。「密集しているからだ。」と、ヒイロ達にもミサイルをお見舞いするトロワ。
「今日は話してはいられない、僕の方が不利だから。」と、言い訳をするカトル。その中で連合の平和論者達の乗るシャトルを撃墜しまうヒイロ。
さらにもめるデュオとトロワ。
そこに来たのが、張五飛。
「貴様らまだ無意味な戦いに飽き足らないのか！」と怒号をあげる。自分たちがトレーズの罠にはめられたことを知るヒイロ、デュオ、カトル、トロワの４人。
第８話 「トレーズ暗殺」 逃げたトレーズを追うウーフェイとトロワ。レディ・アンはニューエドワーズ基地を自爆させガンダムをせん滅する計画に出るがそれを察知したサリィ・ポオは止めようとするが時すでに遅し。自爆装置のボタンは押されてしまう。
「クレイジー。」そんなことも知らずに戦闘を続けるカトルとデュオ。落ち込み、やる気を失うヒイロ。
そんなヒイロに爆破阻止を託すサリィに、ヒイロは・・「作戦ミスは死だ。しかしこのままでは死ねない。」と爆破阻止に向かう。
みんなの心配をよそに難なく成功させるヒイロ。「惨めな仕事だ。俺の、、、俺のミスだぁー！」と愚痴る。
作戦の失敗をトレーズに告げるレディ・アンだが、トレーズはガンダムに感謝すべきだとレディをしかりながらもお咎めはなし。
ルクセンブルクの制圧に成功したゼクスはサンクキングダムを奪われた復讐を果たすも感情に先走った行動に
「安らかに眠れ。怒れるミリアルド・ピースクラフトよ。」と自分をなだめる。
ついにトレーズに追いついたトロワとウーフェイ。「目標補足。行くぞナタク。」と張り切るウーフェイ。が、生身でトレーズに喧嘩を売るがあっさり負けて落ち込んでしまう。トレーズ暗殺は失敗。
第９話 「亡国の肖像」
ルクセンブルクへ完成したトールギスを運ぶオットー特慰。
トールギスに試乗したオットーはけがをしながらもゼクスにトールギスを託す。転校したヒイロとデュオはバスケをするが、そこに現れたリリーナ、ヒイロを見るやいなや「私、あなたに会いたっかたの。」とヒイロにそういう。
サンクキングダムの連合壊滅のためゼクスはトールギスで出撃するがトールギスの殺人的速さに体がもたず途中でダウン。
トレーズ暗殺に落ち込む五飛を無口でなだめるトロワ。「俺にはナタクに載る資格がない。」と弱音を吐く五飛。
トールギスに載ったダメージをおいながらも再び出撃しようとするゼクスだがノインに引きとめられる。
それを見ていたオットーはゼクスの身代わりとなってトールギスでサンクキングダムの連合軍基地へ特攻をしかける。
「ゼクス王！バンザーイ！」オットー死亡。しかしトールギスは全然平気。一方、ヒイロとデュオは何事もなかったかのように任務を遂行させる。１３年振りに母国に帰ったゼクスは「私の手は血に汚れすぎている。」と父の肖像画を前にして一人つぶやく。
第10話 「ヒイロ閃光に散る」
ＯＺではガンダムせん滅を兼ねたＭＳトーラスのシベリア輸送計画が立てられていた。
輸送手段を陸路と空路の二手に分け一方をダミーにし、ガンダム各機を01(ウイング)、02(デスサイズ)、03(ヘビーアームズ)、04(サンドロック)、05(シェンロン)と呼称し、その戦力を分散させようとしていた。
ガンダムパイロット達はそれぞれ出撃するが五飛だけは落ち込んだまま。「しかってくれ、ナタク。」陸路を選んだカトルとマグアナック隊。
それに加わるデュオ。だが、それはダミーのほうだった。
空路の方へと向かったヒイロにゼクスのトールギスが立ちはだかる。そんなヒイロを助けようともせずに暴れまくるトロワのヘビーアームズ。
しかし、レディ・アンはコロニーを盾にとりヒイロ達に降伏を迫りガンダムの受け渡しを要求するが、
Dr.Jによる降伏宣言「降伏はする。が、しかしガンダムは渡せん。」従ってヒイロはウイング・ガンダムを自爆。
「任務了解。」ガンダムもろとも吹っ飛ぶヒイロ。またしても作戦を失敗したレディ・アンは「事は全てエレガントに運べ。」とトレーズ閣下のおしかりを食らう。一応ヒイロを助けて逃げるトロワ。ヘビーアームズの手に握られたままヒイロは・・・・
第11話 「幸福の行方」
コロニーを盾に取られているため動きのとれないガンダムパイロット達。
ゼクスは自爆したウイングを回収してレイクビクトリア基地で修理する事をノインに命ずる。ヒイロとの決着をつけたいがため。
レディ・アンはトレーズの命令でモスクワに向かい、ＯＺの宇宙進出企てる。
リリーナは父の敵を討つためモスクワへ向かいＴＶで記者会見をするレディ・アンをみると、「バラの花がちっとも似合っていない。」と敵意を露にしている。
パーティでウェリッジ公爵からピースクラフトのことやサンクキングダムのことを聞かされるリリーナ。そしてそこに現れたレディ・アンをみるやいなや、リリーナは拳銃を手に取り「お父様の敵！」と、レディ・アンに向かって発砲。あたりはしないものの勇気ある行動にリリーナをかばうウェリッジ公爵。リリーナを追うレディ・アン率いるＯＺ兵。一方、マグアナック隊の本拠地にかくまるデュオとカトルはお互いのことを話すうちに何もかもが全く同じであることを知る。しかし、ＯＺにかぎつけられてしまいマグアナック隊はデュオとカトルを逃がすために盾となる。「いつの日か必ず戦える時を迎えてみせる。」と心に深く誓うカトルであった。ＯＺに追われていたリリーナを保護するノイン。「お迎えにあがりました。リリーナ・ピースクラフト様。」
第12話 「迷える戦士たち」 自爆から一ヶ月。ようやく目を覚ましたヒイロ。そこはトロワが働く巡業中のサーカスであった。
「なぜ助けた。俺は死ななければならなかった。」とトロワに問いただすヒイロだがうまくトロワに説得される。
そんなヒイロに今後の行動について相談するトロワ。ヒイロに見習うべきなのかと考えるトロワに「死ぬほど痛いぞ。」と忠告をするヒイロ。
一方、故郷に帰ってきたのにゲリラの反乱につきあうサリィ。
連合に追い詰められたところに現れた五飛のシェンロン・ガンダム。「ナタクをなめるなぁー！。」と、サリィを助けるが、トレーズに負けたショックから依然立ち直れず「俺にはナタクで戦う資格はない」と自分に自信をなくした五飛を説得するサリィ。
そんな中、連合を裏切ったブント大佐がＯＺと協力してゲリラを排除しようとする。
それでも動かない五飛をかばって死んでゆくゲリラ達。サリィのようやくの説得によりシェンロンでＯＺを倒す。なんとか立ち直る五飛。
サーカスの次の公演がＯＺ基地内であることを知ったトロワは自ら出し物をすることを団長に申し出る。ヘビーアームズを持ってきて、「俺の最後の、大舞台だ。」
第13話 「キャスリンの涙 」
レイクビクトリア基地でトールギスのテストを行うゼクス。
一方ではウイング・ガンダムの修理も行っていた。そこへ連合襲撃のために補給に来たアレックスとミューラーはゼクスに反感を抱きながらも連合のモガディジオ要塞攻略に協力するよう申し入れる。
それに応じるゼクスをおとりにし、連合に攻めるアレックスとミューラー。御自慢のノベンタ砲を持ってしても歯が立たない連合に投稿を呼びかけるゼクス。連合は投降を申し入れるがアレックスとミューラーは攻撃をやめず、挙げ句の果てにはゼクスが反乱したとみなし攻撃を仕掛けるがゼクスのトールギスにかなうはずもなく「バカどもがぁー！」と、やられる。
一方トロワはサーカスでヘビーアームズを出してきてＯＺの兵隊達に受けを取るが「始めるか。俺の自爆ショー。」の一言に会場はあっという間にパニックに。キャスリンの心配をよそに暴れるヘビーアームズ。
トロワは弾切れになって自爆しようとするがその前に立ちはだかるキャスリン。
トロワがヘビーアームズのコクピットを開けるやいなやキャスリンはそこに飛び込んでトロワの顔面を殴る
「あなた自分の命をなんだと思っているのよ！」目に涙を浮かべるキャスリンに、負けるトロワ。泣かれて自爆できなっかたトロワはヒイロと共にサーカスを去る。
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